Letisko, oficiálne pomenované po Nikosovi Kazantzakisovi, je najväčším letiskom na Kréte. Počas letnej sezóny obsluhuje množstvo charterových letov; počas zvyšku roka sem lietajú hlavne lety z Atén a iných gréckych miest.

Na prvý pohľad pôsobí letisko v Heraklione pomerne zastaraným dojmom a jeho zariadenia už nie sú naozaj prispôsobené modernému prevádzkovaniu.

V roku 2017 bolo prijaté konečné rozhodnutie o výstavbe nového, moderného letiska; termín dokončenia bol opakovane odložený a v súčasnosti sa predpokladá, že letisko bude otvorené na prelome rokov 2026 a 2027.

Pre cesty na západnú Krétu je letisko v Chanii vhodnou alternatívou.

Od apríla do októbra letisko obsluhuje mnoho leteckých spoločností z celej Európy, pričom ponúka pravidelné aj charterové lety do všetkých kútov kontinentu.

Najrozsiahlejšiu sieť liniek z Heraklionu prevádzkujú nasledujúce letecké spoločnosti:

• Aegean Airlines: celoročné spojenia niekoľkokrát denne do Atén + letné sezónne priame lety do celej Európy
• Sky Express: celoročné spoje do Atén, Solúna a na ďalšie grécke ostrovy + sezónne priame lety do celej Európy počas leta
• Jet2.com: najčastejšie spoje do mnohých britských miest
• Eurowings: lety do mnohých nemeckých miest
• Volotea: priame lety do Atén, Talianska a Francúzska
• TUI: rozsiahle spojenia do Spojeného kráľovstva, Holandska, Belgicka a Nemecka
• easyJet: lety do viacerých britských miest, Francúzska a Švajčiarska
• Wizz Air: pravidelné lety do východnej Európy
• Ryanair: v porovnaní s ostatnými leteckými spoločnosťami relatívne obmedzený počet letov, napr. do Bergama, Viedne, Berlína alebo Bruselu