Letisko, oficiálne pomenované po Nikosovi Kazantzakisovi, je najväčším letiskom na Kréte. V letnej sezóne ho využíva množstvo charterových letov, zatiaľ čo v ostatnom čase sa na ňom uskutočňujú najmä lety z Atén a iných gréckych miest.

Letisko v Heraklione je na prvý pohľad dosť staromódne a komfort príliš nezodpovedá súčasnej prevádzke.

V roku 2017 bolo prijaté konečné rozhodnutie o výstavbe nového moderného letiska, termín dokončenia sa neustále posúva a v súčasnosti sa očakáva otvorenie na prelome rokov 2026 a 2027.

Alternatívne je možné využiť letisko Chania na cestovanie na západnú Krétu.

Od apríla do októbra na letisko prilietajú mnohé letecké spoločnosti z celej Európy, pričom pravidelné a charterové lety smerujú do všetkých kútov kontinentu.

Najrozsiahlejšiu sieť liniek z Heraklionu prevádzkujú tieto letecké spoločnosti:

• Aegean Airlines: celoročná linka niekoľkokrát denne do Atén + letné sezónne priame lety do celej Európy
• Sky Express: celoročná linka do Atén, Solúna a na ďalšie grécke ostrovy + letné sezónne priame lety do celej Európy
• Jet2.com: najčastejšie linky do mnohých miest Spojeného kráľovstva
• Eurowings: lety do mnohých nemeckých miest
• Volotea: priame lety do Atén, Talianska a Francúzska
• TUI: rozsiahle spojenia do Spojeného kráľovstva, Holandska, Belgicka a Nemecka
• easyJet: lety do viacerých miest Spojeného kráľovstva, Francúzska a Švajčiarska
• Wizz Air: pravidelné lety do východnej Európy
• Ryanair: relatívne obmedzený počet letov v porovnaní s ostatnými, napr. do Bergama, Viedne, Berlína alebo Bruselu